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手把手教你用PyMOL作出蛋白結(jié)構(gòu)圖——進(jìn)階篇

PyMOL除了觀察蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)之外還可以做什么呢,在這里想和大家一起,用一個(gè)實(shí)例來(lái)闡述一下如何運(yùn)用PyMOL觀察蛋白質(zhì)與配體之間的相互作用關(guān)系:

1、找到你要的蛋白文件

Pymol 默認(rèn)可以打開的文件格式是大家都很熟悉的PDB格式,我們可以從pdb這個(gè)網(wǎng)址中下載到。以為大家展示的這個(gè)對(duì)象為例--- 3ODU(一種與癌癥轉(zhuǎn)移和HIV感染有關(guān)的G蛋白偶聯(lián)受體),我們可以直接按照以下路徑直接打開:在External GUI中選擇 File—Get PDB,出現(xiàn)如下對(duì)話框,輸入我們要找的蛋白質(zhì)的PDB號(hào),點(diǎn)擊Download,就可以直接下載對(duì)應(yīng)的PDB文件了,快速方便。

2、對(duì)Internal GUI中的五個(gè)按鍵進(jìn)行操作

All指所有的對(duì)象,3ODU指剛才打開的文件,(sele)是選擇的對(duì)象按鈕。

A:代表對(duì)這個(gè)對(duì)象的各種action;

S:顯示這個(gè)對(duì)象的某種樣式;

H:隱藏某種樣式;

L:顯示某種label;

C:顯示的顏色。

下面是操作過程:

點(diǎn)擊all中的H,選擇everything,隱藏所有;

點(diǎn)擊3ODU中的S,選擇cartoon,以cartoon形式顯示蛋白質(zhì);

點(diǎn)擊3ODU中的C,選擇by ss,以二級(jí)結(jié)構(gòu)分配顏色,選擇。

點(diǎn)擊右下角的S,

窗口上面出現(xiàn)蛋白質(zhì)氨基酸序列,找到1164位處的小分子抑制劑配體ITD,點(diǎn)擊選擇。

此時(shí)sele中就會(huì)包含ITD所對(duì)應(yīng)的殘基位置,點(diǎn)擊(sele)行的A,選擇rename selection,窗口中出現(xiàn)。

更改sele為ITD,接著點(diǎn)擊(ITD)行的S選擇sticks,點(diǎn)擊C,選擇by element,選擇。

調(diào)整窗口使此分子清楚顯示。

3、尋找ITD與蛋白質(zhì)相互作用的氫鍵

ITD行點(diǎn)擊A選擇find,選擇polar contacts,再根據(jù)需要選擇,這里選擇to other atoms inobject ,分子顯示窗口中出現(xiàn)幾個(gè)黃色的虛線。

ITD行下面出現(xiàn)了新的一行。

這就是氫鍵的對(duì)象,點(diǎn)擊這一行的C,選擇red ,把氫鍵顯示為紅色。

4、顯示跟ITD形成氫鍵的殘基

點(diǎn)擊3ODU行的S,選擇lines,顯示出所有殘基的側(cè)鏈,使用鼠標(biāo)轉(zhuǎn)動(dòng)蛋白質(zhì)尋找與ITD以紅色虛線相連的殘基,分別點(diǎn)擊選擇這些殘基。注意此時(shí)selecting要是residures而不是atoms。

選擇的時(shí)候要細(xì)心。取消選擇可以再次點(diǎn)擊已選擇的殘基。使用上述的方法把選擇的殘基(sele)改名為S1。點(diǎn)擊S1行的S選擇sticks,C選擇by elements。

點(diǎn)擊L選擇residures顯示出殘基名稱.在這個(gè)例子中發(fā)現(xiàn)其中有一個(gè)N含有3個(gè)氫鍵有兩個(gè)可以找到與其連接的氨基酸殘基,另一個(gè)找不到,這是因?yàn)檫@個(gè)氫鍵可能是與水分子形成的,水分子在pdb文件中只用一個(gè)O表示,sticks顯示方式?jīng)]有顯示出來(lái)水分子,點(diǎn)擊all行S選擇nonbonded,此時(shí)就看到一個(gè)水與N形成氫鍵。

點(diǎn)擊分子空白處,然后點(diǎn)擊選擇這個(gè)水分子,更改它的名字為w。在all行點(diǎn)擊H,選擇lines,再選擇nonbonded,把這些顯示方式去掉只留下cartoon。點(diǎn)擊w行S選擇nb-spheres。

5、最后的收尾工作

殘基名稱位置的調(diào)整:點(diǎn)擊右下角將3-button viewing 轉(zhuǎn)變?yōu)?-button viewing editing,這樣就可以編輯修改pdb文件了,我們可以將label 的位置進(jìn)行修改,讓顯示更加清晰,然后調(diào)整視角方向直到顯示滿意為止,這時(shí)就可以保存圖片了,路徑是file>save image as>png。

為了得到更高質(zhì)量和更漂亮得圖片我們可以對(duì)菜單欄按照下面的路徑繼續(xù)處理:

Setting >cartoon>highlight color(加深對(duì)比度);

Setting > cartoon >fancy helix;

Setting >transparency> cartoon >調(diào)節(jié)透明度至50%;

Setting >label>size (調(diào)節(jié)label字體大。;

Display>background color>white (背景設(shè)置為白色);

此時(shí)窗口中的圖像應(yīng)該不怎么好看,我們可以試著點(diǎn)擊右上角的Draw/Ray。

選擇Draw處理的速度會(huì)更快,占用電腦資源會(huì)更少,選擇Ray,渲染的程度更高,這里我選擇的就是Ray。

等待一會(huì),完成后就發(fā)現(xiàn)圖片清晰立體多了,這時(shí)千萬(wàn)不要再在圖片上點(diǎn)擊了,趕快保存圖片。

這樣最后就會(huì)得到一張展示配體與蛋白相關(guān)殘基之間氫鍵作用的圖片了。

聲明: 本文由入駐維科號(hào)的作者撰寫,觀點(diǎn)僅代表作者本人,不代表OFweek立場(chǎng)。如有侵權(quán)或其他問題,請(qǐng)聯(lián)系舉報(bào)。

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