侵權(quán)投訴
訂閱
糾錯
加入自媒體

通過整合基因組分析以鑒定肺腫瘤內(nèi)皮細(xì)胞異質(zhì)性和血管生成候選物

2021-01-07 11:35
科研菌
關(guān)注

為了探討蛋白質(zhì)水平上TECs中膠原蛋白修飾酶是否上調(diào),作者對來自肺,腎和結(jié)直腸(CRC)腫瘤和結(jié)直腸肝轉(zhuǎn)移的144個預(yù)期收集的TEC和NEC樣本的內(nèi)部生成隊列進(jìn)行了蛋白質(zhì)組學(xué)分析 (CRCLM)。

在來自NSCLC患者(n = 27例)的TECs中,LOXL2是最高上調(diào)的蛋白(> 4倍),而PLOD1和PLOD2上調(diào)了1.7倍和1.9倍(圖7A)。對所有4種腫瘤類型的薈萃分析均確定了288種持續(xù)表達(dá)較高的蛋白,包括LOX、LOXL2、PLOD1和PLOD2(圖7B)。

圖7:A:來自NSCLC患者的TECs中蛋白質(zhì)表達(dá)差異 

B:TEC中過表達(dá)的蛋白質(zhì)在不同種類癌癥的情況

對持續(xù)表達(dá)水平較高的蛋白質(zhì)子集的GO富集分析顯示,高表達(dá)蛋白質(zhì)在糖酵解酶,生長和肌動蛋白細(xì)胞骨架組織以及蛋白質(zhì)羥基化和交聯(lián)的基因集富集(圖7C和S8D)。

圖7C:蛋白質(zhì)的GO分析結(jié)果

作者將PLOD1,PLOD2和LOXL2以及蛋白質(zhì)羥基化基因確定為高度排名的靶標(biāo),因此作者決定評估這些基因是否在功能上調(diào)節(jié)了血管的發(fā)芽。

與上述GO分析一致:

TEC中的遷移,增殖和血管發(fā)芽高于NEC(圖8A-8C)。

圖8A:NEC與TEC的劃痕實驗結(jié)果 

B:3 H-胸苷摻入試驗結(jié)果

圖8C:C:hcNEC和hcTEC球狀體發(fā)芽的明場照片(上圖)和形態(tài)定量(下圖)

HUVEC中PLOD1,PLOD2或LOXL2的沉默(沉默效率> 70%–80%;圖S8E)減少了EC遷移(圖8D),并削弱了HUVEC橢球中的血管發(fā)芽(圖8E和8F)

D:對照和PLOD1,PLOD2或LOXL2沉默(KD)EC劃痕試驗定量結(jié)果 

E-F:使用對照和PLOD1,PLOD2或LOXL2沉默(KD)EC進(jìn)行的球狀體發(fā)芽的明場照片(E)和定量(F)

米諾地爾是一種藥理學(xué)上的PLOD阻斷劑,可在體外減少EC遷移(圖8G)。米諾地爾或賴氨酰氧化酶抑制劑β-氨基丙腈(BAPN)的施用可抑制體內(nèi)角膜血管生成(圖8H)。

圖8G:米諾地爾對PLODs具有藥理學(xué)抑制作用的EC的劃痕傷口遷移試驗 

H:在用媒介物(CTRL),米諾地爾或β-氨基丙腈(BAPN)干預(yù)角膜燒灼誘導(dǎo)的損傷后的角膜血管新生。

總體而言,作者認(rèn)為功能驗證表明,通過綜合分析確定的靶向基因可抑制血管發(fā)芽。

小結(jié)

在這篇文章中,作者針對人類,小鼠以及培養(yǎng)細(xì)胞株進(jìn)行表皮細(xì)胞的深入分析,確定了不同model中的EC的異質(zhì)性以及保守性,在確定EC亞型的研究中,作者不單單對自身數(shù)據(jù)集進(jìn)行探究,還引入了多個外部數(shù)據(jù)集對于相關(guān)結(jié)論進(jìn)行驗證。作者還通過使用免疫熒光染色,RNA定量熒光染色以及cytof的方法來多維度確定EC的分類。

文章的后半部分關(guān)注于腫瘤治療中的重要話題——抗血管生成進(jìn)行研究,作者首先對小鼠樣本中帶有的抗VEGF治療組進(jìn)行差異基因篩選構(gòu)建gene signature。為了確定相應(yīng)的治療靶點(diǎn),作者首先鑒定了在研究中不同model最保守的EC亞型——tip EC,對該亞型進(jìn)行保守基因的計算以及驗證。隨后,作者對這些鑒定出來的保守基因中膠原相關(guān)酶靶點(diǎn)進(jìn)行驗證,通過多種手段及實驗技術(shù)證明了膠原羥基化及交聯(lián)酶在肺癌EC細(xì)胞相關(guān)的血管生成的重要性。

作者在文章最后提到本文的局限性:首先,該研究中每種EC表型的生物學(xué)作用是推定的,需要進(jìn)行更進(jìn)一步功能驗證以探測其生物學(xué)作用。其次,需要分析更多的患者,以探究患者之間的異質(zhì)性,以識別所有可能的TEC表型。第三,兩種物種的腫瘤生長不同,患者來源的腫瘤表現(xiàn)出比小鼠更大的遺傳和環(huán)境異質(zhì)性,這種異質(zhì)性給研究TEC表型所帶來的干擾是不能忽視的。

       

<上一頁  1  2  3  4  5  
聲明: 本文由入駐維科號的作者撰寫,觀點(diǎn)僅代表作者本人,不代表OFweek立場。如有侵權(quán)或其他問題,請聯(lián)系舉報。

發(fā)表評論

0條評論,0人參與

請輸入評論內(nèi)容...

請輸入評論/評論長度6~500個字

您提交的評論過于頻繁,請輸入驗證碼繼續(xù)

暫無評論

暫無評論

醫(yī)療科技 獵頭職位 更多
文章糾錯
x
*文字標(biāo)題:
*糾錯內(nèi)容:
聯(lián)系郵箱:
*驗 證 碼:

粵公網(wǎng)安備 44030502002758號